O rei D. Manuel I, o monarca de maior relevo para a História da cidade de Vila do Conde, foi também fulcral para a continuidade da vida de clausura existente no Mosteiro de Vairão. Em 1517 iniciou uma reforma, sob o pretexto de proteção às monjas do meio rural, que agruparia diversas comunidades em ambiente urbano, retirando-as assim do seu mosteiro de origem.
Legitimada por bula do Papa Leão X, a decisão estava tomada. As monjas de Vairão juntar-se-iam a outras quatro comunidades beneditinas para fundar o Mosteiro de São Bento de Avé-Maria, no Porto, onde hoje se encontra a Estação de São Bento.
O verdadeiro intuito seria o de agrupar pequenas comunidades que poderiam estar em falta com a vivência monástica, centrando-as em locais urbanos onde pudessem ser alvo de um controlo mais rigoroso por parte dos poderes superiores.
Em última instância, provavelmente fazendo uso da sua larga rede de influências, a comunidade de Vairão conseguiu escapar à fusão pretendida por D. Manuel, tendo o rei permitido a sua continuidade por “ser a abadessa virtuosa e ter a casa reformada com toda a honestidade, e ter feito muitas obras”1.
O Mosteiro de São Bento da Avé-Maria foi então fundado apenas pelas religiosas das outras quatro comunidades designadas: Rio Tinto, Vila Cova, Tarouquela e Tuías2.
A virtude das religiosas de Vairão é comprovada ao serem no final do século escolhidas para a fundação de dois novos mosteiros no interior do país. A sua observância exemplar serviria de modelo às noviças que futuramente seriam admitidas nestas novas comunidades eclesiásticas.
Em 1587, as irmãs Joana de Sousa e Violante de Sousa, da família do Marquês de Vila Real, seriam as primeiras monjas do Mosteiro de São Bento de Murça. Em 1590 fundar-se-ia o Mosteiro de Santa Escolástica de Bragança, sendo a sua primeira abadessa D. Jerónima de Vilhena, também proveniente de Vairão.
